Выставьте в настройках скайпа уровень воспроизведения голоса с микрофона, скорее всего он у вас стоит на максимуме от этого и фоновые шумы, как вариант еще можно выставить уровень записи с микрофона непосредственно в Windows (значок звук в панели задач, далее микшер, далее регулируете уровень записи с микрофона ползунком до устраивающего вас уровня). Еще вариант, у вас неисправен микрофон, тут решение простое, просто его поменять.