Лучше всего это сделать с помощью телепорта, но если он недоступен, то нужно убить одного синта. После этого вы увидите кнопку "покинуть Институт", там же, где и заходили. А активировать телепорт получится после того, как пообщаетесь со всеми членами организации, а потом нужно обратиться к доктору Ли. Она установит чип с телепортом.