Добрый день.
В принципе нет ничего сложного, все эти моды хранятся в вашей мастерской. Заходите в стим, далее в мастерскую игры АРК, а там
ручками отключаете все эти моды, по другому не получится просто никак.
После отключения всех модов, можно будет удалить папку MOD в steam\steamapps\common\ARK\ShooterGame\Content освободите очень много места. У некоторых моды достигали 70-80 Гб.