Ядра есть в игре повсюду, их много, потому что без них ты не сможешь выполнять проекты. Собираются они обычно с тел врагов, так же довольно часто они служат наградой за миссию. То есть тебе просто нужно обыскивать все трупы инопланетян, какие видишь, и выполнять задания, за которые полагается награда, типа зачистки вражеских кораблей. В крайнем случае ядра можно купить на рынке, но они дорогущие.