Добрый день!
Да по сути отличия между ними небольшие.
Первая - это стандартная версия игры, которая вышла первоначально, а вторая - это DLC (дополнение), которая включает в себя новых персонажей и новые режимы.
Если думаешь какую из версий взять, советую брать Mortal Kombat XL. Она все-таки чуть новее, хотя и та и другая абсолютно оптимизированные игры.