Отличаются, но не так сильно. Anniversary - это, все таки, переиздание, оно лучше подойдет для современных компьютеров. В ней немного изменен интерфейс и улучшена графика, а так же разрешение можно выставлять куда большее. В целом игра та же самая, но есть система достижений и в нее включены различные DLC, в которые входят оружия, одежда и так далее.

The Lost Chapters была выпущена для компьютеров и Xbox, а Anniversary для компьютеров и Xbox 360, так что и в этом тоже есть небольшие различия.