Самый просто способ убрать сепаратизм в игре Europa Universalis 4 это дать автономию той области (или областям), в которых этот сепаратизм образуется. Но, в спою очередь, это означает, что большая часть власти на данной территорией у вас будет утеряна. Второй вариант жестко подавлять восстания (постоянно иметь на готове войска, способные подавить восстания), менять религию на данной территории на свою собственную. Через промежуток времени (это будет не быстро) территории ассимилируются и поднимать восстания перестанут.