Жмешь двойным кликом мышки на скачанный с официального сайта мод, в открывшимся окне выбираем "Выбрать из списка установленных...", жмем "обзор", находим папку с игрой и выбираем SimplePlanes.exe.
Либо вариант еще проще - перетащить файл мода на значок игры.