Добрый день!
Я сначала пытался установить бомбы и взорвать его (думаю как и вы), но это не работало.
Оказалось все гораздо проще, надо убивать коконы, которые растут из пола, всего их будет четыре. Как только вы их убьете, гнездо будет уничтожено.
И да, лучше это делать естественно ночью, так как днем там будет очень много мобов и это будет затруднительно сделать.