По своей сути убийство или не убийство Ноя ни на что не влияет и от того, что вы его убьете сюжет игры для вас не изменится.
В самой концовке, если Ной останется жив, то будет сообщение о том, что группа сталкеров укрылась у Ноя во время выброса, а вот, если Ной будет мертв, то такого сообщения не будет, что наталкивает на определенные мысли.