Манипулятор материи можно улучшить, если у вас есть необходимое количество модулей манипулятора и открыто предыдущее улучшение выбранной ветки.
После того как это сделано, можно будет открыть окно улучшения манипулятора материи с помощью кнопки на правой боковой панели (Справа вверху есть иконка).