Души драконов нужны для изучения криков - специальных умений твоего персонажа. Чтобы изучить крик тебе нужно знать слово крика (обычно это такие светящиеся надписи в пещерах и подземельях), а также поглощать драконьи души. По мере прохождения основного квеста ты узнаешь все подробности.