В общем-то, уничтожить их можно, если оставить флот и своими бомбардировками уничтожить все живое на планете. Если у вас этого сделать не получается, то возможно, что у вас просто старая версия игры, так как, там был такой баг и поэтому нужно обносить игру. Чтобы потом не возникало вопросов, то нужно помнить, что большинство планет захваченных преторианцами останутся безжизненными, правда, если они были заражены, если же они были просто заняты, то их можно будет заново заселить.